(Regione Lombardia - regolamento n° 19, 12 agosto 2003)
1. Il presidente della Conferenza, scelto tra i componenti, è eletto a maggioranza assoluta dei componenti nella seduta d'insediamento. La votazione si svolge a scrutinio segreto; qualora non sia raggiunta la maggioranza assoluta nella prima votazione, si procede al ballottaggio tra i due candidati che hanno ottenuto il maggior numero di voti.
Risulta eletto chi ha conseguito il maggior numero di voti. In caso di parità di voti risulta eletto il più anziano d'età.
2. La Conferenza elegge con le stesse modalità e con la medesima votazione il vice-presidente che sostituisce il presidente in caso di assenza o impedimento.
3. Le nomine di cui ai commi 1 e 2 sono riferite alle persone fisiche che fanno parte della Conferenza; nel caso in cui i componenti eletti presidente o vice-presidente della Conferenza cessino di ricoprire la carica indicata all'Art. 1, comma 1, lettera a), b), c), d) ed e), si procede a nuove elezioni.
4. A metà legislatura si procede al rinnovo delle cariche di presidente e vice-presidente. Il presidente e il vice-presidente in carica possono essere confermati. Al rinnovo si procede, altresì, qualora lo richieda la maggioranza dei componenti la Conferenza.