(Regolamento allegato al Decreto del Ministero della Salute, 2 marzo 2016)
1. L'organizzazione dell'Area operativa tecnico/scientifica dell'Istituto si articola in sei Dipartimenti, sedici Centri nazionali e due Centri di riferimento. Presso l'Istituto opera, altresì, l'Organismo notificato per le attività di cui alle direttive 93/42/CEE, 90/385/CEE e 98/79/CE.
2. I Dipartimenti sono strutture tecnico-scientifiche aventi il fine di realizzare, gestire e sviluppare attività omogenee di ricerca, controllo, consulenza e formazione nel quadro delle funzioni istituzionali attribuite all'Istituto ed in conformità agli obiettivi di cui al piano triennale di attività e relativi aggiornamenti annuali.
3. I Centri si distinguono in Centri nazionali e Centri di riferimento.
4. I Centri nazionali sono strutture tecnico-scientifiche aventi il fine di realizzare, gestire e sviluppare attività di ricerca, controllo, consulenza e formazione, anche interdipartimentale, nell'ambito di specifici settori di competenza caratterizzati da particolare rilevanza tecnica e/o scientifica. Essi costituiscono punti di riferimento operativo nei confronti delle strutture del sistema sanitario con spiccata vocazione alla creazione di network scientifici nazionali e internazionali.
5. I Centri di riferimento sono strutture tecnico-scientifiche aventi il fine di realizzare, gestire e sviluppare, attività di ricerca, controllo, consulenza e formazione, anche interdipartimentale, nell'ambito di specifici settori di competenza caratterizzati da particolare rilevanza tecnica e/o scientifica.
6. Ai Dipartimenti ed ai Centri è conferita, nel quadro della programmazione annuale e triennale dell'Istituto, autonomia scientifica, organizzativa e di gestione nella definizione dei contenuti dell'attività di ricerca, controllo, formazione e nella utilizzazione delle risorse umane e delle attrezzature scientifiche assegnate. I Dipartimenti ed i Centri costituiscono centri di costo.
7. I Servizi tecnico-scientifici costituiscono strutture aventi il fine di realizzare, sviluppare e gestire attività strumentali e di supporto al fine di perseguire criteri di efficienza ed efficacia nella conduzione delle missioni istituzionali di Dipartimenti e Centri.